Колоноскопія виконується за допомогою спеціального ендоскопу – колоноскопа. Це спеціальний апарат з довжиною частини, що вводиться до 180 смтовщиною від 1,0 см до 1,5 см (Залежно від призначення).
Колоноскопія дозволяє візуально оцінити стан стану слизової оболонки товстої кишки на всьому її протязі (близько 2 м).
Під час дослідження лікар використовує спеціальний прилад. колоноскоп, що являє собою довгу гнучку трубку діаметром близько 13 мм. Колоноскоп вводиться через анальний отвір та поступово просувається по всій товстій кишці, даючи можливість лікарю візуалізувати всю слизову оболонку.