Бронхоскопія проводиться сидячи в положенні. Лікар вводить ендоскоп у дихальні шляхи під контролем зору, поступово оглядаючи нижчележачі відділи трахеобронхіального дерева з обох боків. Апарат зазвичай вводиться через носовий хід, але в деяких випадках може бути введений у дихальні шляхи та через рот.
Процедура проводиться тільки під наркозом і частіше використовується для видалення сторонніх тіл, зупинки сильної кровотечі і т.п. бронхоскопія виконується за допомогою м'якого бронхоскопащо робить маніпуляцію набагато більш делікатною.
Бронхоскопію робити не боляче, оскільки застосовується загальний чи місцевий наркоз.
Бронхоскопія гнучким ендоскопом зазвичай триває десь від 45 хвилин до 1:00.